Il Museo di Storia Naturale di Milano ospita alcune associazioni e gruppi naturalistici con i quali organizza iniziative ed eventi a carattere scientifico e divulgativo.

Centro Studi Archeologia Africana (CSAA)

Gruppo Botanico Milanese (GBM) 

Gruppo Mineralogico Lombardo - Associazione Italiana di Mineralogia 

Società Italiana di Scienze Naturali (SISN) 

Le biblioteche del CSAA e della SISN sono consultabili presso la Biblioteca del Museo di Storia Naturale.